一、案情概要
1.案件背景
申诉人：广东省兴宁三建工程有限公司（以下简称三建公司）。
被申诉人：国家税务总局梅州市税务局第二稽查局。
核心争议：原兴宁市地税局2013年作出的税务行政处罚决定（罚款1424.3万元），指控三建公司2000年至2013年期间少申报缴纳土地使用税、企业所得税、房产税等税款，并存在偷税行为。三建公司主张处罚依据错误、处罚过重，且相关刑事判决已被撤销。
2.案件经过
税务稽查：2013年原兴宁市地税局稽查发现三建公司长期少缴税款，并认定其偷税，处以2倍罚款。
诉讼历程：三建公司起诉至法院，一审、二审均败诉；再审申请被广东省高院驳回后，向最高人民法院申诉。
刑事判决影响：关联刑事判决（34号）认定三建公司犯逃税罪，但后被再审判决（6号）撤销，三建公司及原法定代表人无罪。
3.再审结果
最高人民法院撤销原税务处罚决定及一、二审判决，认定税务机关处罚显失公正，责令重新处理。
二、争议焦点
1.税务处罚的合法性
三建公司主张：
土地使用税计税依据错误（以证载面积而非实际占用面积为准）；
处罚未考虑部分土地未实际使用、存在“一地两证”等特殊历史背景；
处罚金额违反“过罚相当”原则。
税务机关答辩：
土地使用税以权属证书面积为准，与实际使用无关；
三建公司存在变造证件、虚假申报等偷税行为；
处罚符合《税收征管法》规定幅度。
2.法律适用问题
是否应适用《行政处罚法》的“过罚相当”原则；
税务机关是否存在选择性执法（同类企业未受同等处罚）。
三、法院观点
计税依据认定错误
关键法律依据：
《城镇土地使用税暂行条例》第三条：土地使用税以“实际占用面积”为计税依据。
事实认定：
案涉17宗土地虽登记在三建公司名下，但部分土地未实际使用、已用作公共道路或被司法拍卖；
税务机关未核实实际使用情况，机械以证载面积计税，违反“实质课税原则”。
2.处罚结果显失公正
过罚相当原则：
税务机关未考虑三建公司违法行为的实际危害性（如变造证件涉及税款仅9.8万元）；
追征13年税款并处2倍罚款，远超企业承受能力，与过错程度不匹配。
信赖利益保护：
税务机关长期未提示纳税义务，且曾连续多年开具“完税证明”，企业形成合理信赖。
3.执法公平性问题
选择性执法：
同期同类企业（如其他房地产公司）未因相同情形受罚，违反“同样情况同等对待”原则。
4.历史背景与责任分担
政府责任：
地方政府在未完成拆迁情况下颁发土地证，导致“一地两证”等混乱，税务机关未予考量。
四、税收政策与法律点评
1.土地使用税征收的核心原则
实际占用标准：根据《城镇土地使用税暂行条例》，计税依据应为实际占用面积，而非单纯权属证书面积。本案税务机关机械执法，忽视土地实际使用状态，违背税收公平性。
2.偷税认定的边界
主观故意与客观行为：偷税需具备“伪造、变造、隐匿”等主观故意。本案中，三建公司虽变造证件，但部分行为因土地实际用途调整（如公共道路）而具有合理性，税务机关未充分区分故意与过失。
3.过罚相当原则的司法审查
比例原则：行政处罚应与违法行为的性质、情节、社会危害性相匹配。本案罚款金额（1424万元）远超企业实际少缴税款（657万元），且未考虑历史遗留问题，明显违反比例原则。
4.税务机关的执法规范化
程序公正：税务机关在明知土地实际使用情况复杂时，未履行调查义务，直接以证载面积定案，程序存在瑕疵。
信赖保护：长期默认企业纳税方式后突然重罚，损害企业对税收执法的合理预期，不符合诚信政府建设要求。
5.对企业的合规启示
主动沟通义务：企业应通过合法途径（如申请土地证变更）解决计税争议，而非擅自调整申报数据。
证据留存：涉及特殊历史背景的税务问题，需保存政府文件、沟通记录等证据，以备争议时举证。
五、总结
本案是最高人民法院对税务行政处罚进行司法审查的典型案例，体现了司法机关对“过罚相当”“实质课税”等原则的严格适用，以及对纳税人信赖利益的保护。判决明确了税务机关在执法中需兼顾法律刚性与个案特殊性，避免机械适用法律导致显失公正。
政策建议：
税务机关应完善土地实际使用情况的核查机制，避免“以证代查”；
对历史遗留问题导致的税务争议，应建立协商解决机制，而非简单重罚；
强化执法公平性审查，杜绝选择性执法，维护税收法治的公信力。
判决书全文详见：广东省兴宁某某工程有限公司与国家税务总局梅州市税务局第二稽查局其他再审审查行政判决书|裁判文书|威科先行·法律信息库