基本案情：
原告南京三辉机电有限公司(以下简称三辉公司) 一审诉称：2012年9月29日，其与南京石羊建设有限公司 (以下简称石羊公司) 签订《施工合同》，约定石羊公司承建其1－5#厂房，合同总金额23408585元，承包人的现场项目负责人为潘森。 其支付工程款均有潘森签收，已付款3074. 17万元。但石羊公司一直未将工程完工，不履行移交工程竣工资料、进行竣工结算、办理建设工程竣工档案报送等义务。故起诉请求：
1、石羊公司返还未完工的工程款64.72万元；
2、石羊公司支付违约金108万元；
3、石羊公司移交工程竣工资料，为其办理建设工程竣工档案报送、验收手续，配合其办理案涉工程竣工验收备案手续；
4、石羊公司向其开具30218951.4元的工程款发票；
5、庆华公司、潘森对第1、2项诉讼请求承担连带责任，庆华公司对第3、4项诉讼请求承担连带责任。
被告石羊公司一审辩称并反诉称：三辉公司欠其工程款未付清，故不存在返还工程款的问题。故反诉请求：三辉公司支付工程款1178.83万元。
被告庆华公司一审辩称，系潘森挂靠石羊公司承接了三辉公司的案涉工程，合同无效；案涉工程的结算、工程资料交接应由潘森与三辉公司完成，石羊公司协助，与庆华公司无关。
被告潘森一审辩称，案涉工程系其先挂靠庆华公司，又挂靠石羊公司而向三辉公司承接。因施工需要垫资，其向三辉公司借款，约定借期1年，月利率为3%，共计借款1144万元，其中本金800.8万元，利息343.2万元。三辉公司还将合同之外的附属工程交给其施工，未与石羊公司签订合同。
法院经审理查明：2012年9月29日，三辉公司 (甲方) 与石羊公司 (乙方) 签订《建设工程施工合同》，约定：石羊公司承包三辉公司位于南京市江宁区淳化的1－5#厂房的土建、水电工程(包工包料)；开工日期为2012年10月28日 (若延迟，工期顺延) ，竣工日期：1、2、4#厂房于2013年4月30日竣工验收合格交付甲方使用，3、5#厂房于2013年8月31日竣工验收合格交付甲方使用；工程价款23408585元；承包人的项目负责人 (项目经理) 为潘森；本合同固定价款23408585元；工程款 (进度款) 支付：乙方进场施工完成至±0.00，甲方支付工程款的15%，乙方主体施工至檐口，甲方支付工程款的10%， 乙方屋面施工完成，甲方支付工程款的15%，工程竣工验收合格交付甲方使用，甲方支付工程款的10%，工程从交付甲方使用之日起，甲方使用满一年付至工程款的95%，5%工程款作为保修金，满五年付清余款等。潘森作为石羊公司的委托代表人在合同上签字，并留有潘森个人的银行账号。
2012年10月18日，石羊公司与庆华公司签订《协议书》，约定三辉公司1-5#厂房由庆华公司全面负责施工，石羊公司只负责协调工作，收取管理费为工程决算价的1.5%，税费按到款的比例扣除等。
2012年10月29日，庆华公司与潘森签订《厂房施工合同》，约定三辉公司1-5#厂房的土建水电交由潘森承建，潘森自负盈亏；工程决算价的1.5%作为管理费，石羊公司提取0.75%，庆华公司0.75%；税费根据到款情况予以扣除；另对安全、质保等进行了约定。
合同签订后，潘森作为实际施工人进行了施工。施工过程中，三辉公司与潘森口头协商确定增加了气泵房、收购站、五间房及食堂、 大门地磅、景观水泥、厂区道路与排水、配电房、消防水池、篮球场地面、附属工程水电工程。
涉案工程于2012年11月1日开工，2013年1月10日主体工程施工至 ±0.00，2013年5月30日主体工程施工至檐口，2013年8月30日主体施工至屋面完成。2013年11月30日，三辉公司使用涉案工程。
2014年1月27日，潘森出具《承诺书》，确认三辉公司已付工程款1470万元、借款1144万元，合计2614万元。
2014年11月9日，潘森出具《承诺书》，承诺：施工中因其资金不足导致工程无法正常施工，为保障正常施工，其分数次向发包方董 事长李忠明以借款形式预支工程款用于工程建设，包括利息在内，共向董事长李忠明预支工程款1144万元并承诺此借款在工程款结算时进行抵扣，多退少补。同日，潘森还出具《承诺书》，载明：潘森与包延福在负责三辉公司厂房项目过程中，因包延福拖欠其他供应商货款439700元被雨花法院司法拘留，为了保证工程正常施工，潘森以项目负责人的名义请求三辉公司董事长李忠明提供担保，并以预支工程 款的方式，由三辉公司在2013年5月30日向法院垫付15万元， 在2013年8月13日垫付28.97万元，潘森以项目负责人名义承诺，此款43.97万元在工程决算中进行抵扣，多退少补。
2014年11月30日，三辉公司与潘森就涉案工程进行了结算，双方确认工程合同价23408585元，工程变更结算价 (含附属工程) 6810366.4元 (其中变更部分价款877151.31元、附属工程价款5933215.09元) ，合计30218951.4元。 同日， 双方签署《说明》，确认结算后尚未施工完成的项目与造价为：沥青路面约42.79万元、5# 楼卫生间瓷砖约12万元、篮球场塑胶地面6.57万元、工程零星项目约3.36万元，合计64.72万元。三辉公司起诉要求返还的64.72万元就是依据上述《说明》。
2017年7月28日，三辉公司取得涉案工程的建设用地规划许可证。同年8月29日，三辉公司取得涉案工程的建设工程规划许可证。三辉公司支付工程款合计1929.4844万元。
石羊公司认可上述已付款中的1321. 17万元，其余款项608.3144万元均系支付给潘森个人，不予认可。上述石羊公司认可的款项如下：第 (1) 笔， 2012年12月27日350万元； 第 (2) 笔，2013年05月28日351万元；第 (6) 笔，2013年08月16日200万元中以转账支票支付的80万元；第 (9) 笔，2013年10月31日100万元中以承兑汇票支付的80万元；第 (12) 笔，2014年春节工人工资300万元；第 (14) 笔，2014 年05月工人工资160. 17万元。
另外，潘森以涉案工程施工需要，向三辉公司董事长李忠明借款838.03万元，潘森、三辉公司一致确认，上述借款838.03万元的利息为月息3%，2014年1月27日潘森出具的承诺书中载明借款1144万元中已包含利息。
一 审另查明，涉案工程实际系潘森承接后，挂靠庆华公司，因庆华公司无三辉公司所需要的建筑企业资质，通过庆华公司的法定代表人韩庆华，挂靠石羊公司，最终以石羊公司的名义与三辉公司签订了建设工程施工合同，潘森系实际施工人。石羊公司、庆华公司、潘森均陈述庆华公司系作为担保人参与到涉案工程中。
争议焦点：
1、关于潘森承接附属工程后三辉公司支付的款项性质认定问题；
2、关于三辉公司李忠明向潘森提供的借款1144万元是否应当计入三辉公司已付石羊公司工程价款的问题；
3、关于以上借款的具体抵扣数额问题；
4、关于石羊公司所提潘森借到的款项未全部用于涉案工程施工，不应计入三辉公司已付工程价款的意见。
裁判理由：
一、关于潘森承接附属工程后三辉公司支付的款项性质认定问题
涉案2012年9月29日《建设工程施工合同》系由潘森借用石羊公司的资质与三辉公司签订，工程施工内容系三辉公司1－5#厂房的土建、水电工程，该施工合同经过了石羊公司的确认，该合同项下的履行行为对石羊公司具有法律效力。而在潘森针对以上合同内容实际组织施工的过程中，潘森还从三辉公司处直接承接施工了气泵房、收购站、五间房及食堂等附属工程，该部分附属工程的承接系潘森与三辉公司经口头商定而达成，未经过石羊公司的确认，故有关附属工程项下的施工及款项结算等事宜对石羊公司不产生约束力。就工程价款的给付情况而言，三辉公司在付款时未明确区分相关款项系针对石羊公司所签施工合同项下的工程，抑或是针对潘森直接承接的附属工程，作为实际施工人的潘森对此亦无法区分。因此，除了石羊公司明确认可的属于支付施工合同项下工程价款的1321. 17万元，以及付款时明确备注系附属工程价款的情形之外，均应按照施工合同项下工程造价占据施工合同项下工程与附属工程造价之和的比例，在三辉公司向潘森支付的其余款项中确定属于支付石羊公司施工合同项下工程价款的具体份额。
二、关于三辉公司李忠明向潘森提供的借款1144万元是否应当计入三辉公司已付石羊公司工程价款的问题
涉案2012年9月29日《建设工程施工合同》 系由潘森借用石羊公司的资质与三辉公司签订，石羊公司虽签订了该施工合同，但实际系由潘森具体组织施工，潘森实际享有和承担该合同项下工程相关的权利和义务，包括收取工程价款。且该合同未明确约定工程价款仅能由石羊公司直接收取，未排除当事人之间实际发生的其他支付方式的给付效力。因此，潘森为履行施工合同而从三辉公司处实际收取的款项，可以从三辉公司应向石羊公司支付的施工合同项下工程价款中抵扣， 具体的抵扣范围除了可以包括潘森从三辉公司处直接领取的工程价款、三辉公司代付的材料款等之外，还可以包括不违反合同约定的以借款方式预支的工程价款而根据三辉公司与石羊公司所签施工合同中有关付款时间的约定，并结合三辉公司实际已付工程价款的时间和数额可知，截至2013年11月30日三辉公司实际使用涉案工程之时，其已按时付清当期应付的工程价款，不存在拖欠情形。潘森在本案再审中亦当庭确认了三辉公司系按合同约定的付款时间足额支付了每期应付的工程价款。据此，在三辉公司未曾拖欠应付工程价款的情况下，其与潘森以借款的方式预支其他未届支付时间的工程价款，不违反施工合同的约定及法律规定，该借款可以在工程款结算时予以一并抵扣。
三、关于以上借款的具体抵扣数额问题
根据施工合同的约定，剩余工程价款应在三辉公司使用涉案工程满一年后支付至工程总价款的95% (期间承包方必须完成建设主管部门竣工手续，资料存档，配合发包方领取房屋合格证) ，5%工程款作为保修金，满五年付清余款。客观上，三辉公司系在2013年11月30日使用涉案工程，此前已经按约付清了50%的工程价款，故其应在2014年11月30日前支付工程总价款的另外45%，在2014年11月30日之前则并无付款义务。因此，三辉公司以借款方式向潘森预支工程款的，所计取的利息可计算至2014年11月30日。基于此，经审查潘森借款的实际情况可知，潘森确认收到的1144万元借款中有本金838.03万元，其余305.97万元为利息，潘森明确表示同意该1144万元借款本息在与三辉公司工程款结算中进行抵扣。而根据三辉公司李忠明实际向潘森提供的每笔借款本金的时间和金额测算，计算至2014年11月30日，以上约定的305.97万元利息并未超过借款本金按照年利率36%计算所得的利息总额，且潘森已于施工结束后在与三辉公司的结算过程中实际完成了抵扣，应视为当事人已经履行完毕，该意思表示不违反法律的禁止性规定，应予确认。因此，三辉公司李忠明向潘森提供的借款 本息合计1144万元应当全部计入三辉公司已向潘森支付的工程价款。又因该借款同样未明确具体的工程指向，故应一并按照施工合同项下工程造价占据施工合同项下工程与附属工程造价之和的比例，认定该借款中属于三辉公司向石羊公司支付施工合同项下工程价款的具体份额。
四、关于石羊公司所提潘森借到的款项未全部用于涉案工程施工，不应计入三辉公司已付工程价款的意见。
潘森虽称该借款未完全用于涉案工程，而是有一部分用于其承包的其他项目中，但潘森确系以涉案工程施工所需为由而向三辉公司李忠明提出借款，李忠明亦系为了及时解决涉案工程施工问题而向潘森出借款项，潘森在借款时并未告知李忠明该款项可能被用作他处，亦无证据证明李忠明在向潘森提供借款时明知潘森将把该借款用作与涉案工程无关的其他事项中。因此，潘森以涉案工程施工所需为由而向李忠明借到款项后，该款项即属于潘森可以自行处置的资金，潘森最终将该款项实际用作何处，三辉公司及李忠明显然无法控制，故该款项实际用作涉案工程的多少并不能否定三辉公司与潘森之间以借款的形式预支涉案工程价款的事实。因此，石羊公司的以上抗辩意见不能成立，其再审中提供的新证据亦不能推翻三辉公司与潘森之间结算工程价款的事实。二审判决以三辉公司不能证明上述借款全部用于石羊公司施工合同约定的工程范围为由，未将该借款认定为三辉公司与石羊公司就涉案工程的已付款，与客观事实不符，予以纠正。
综上，三辉公司已经支付的工程价款实际包括以下三个部分：
1、石羊公司在一、二审中明确认可收到的1321. 17万元，此应直接计作三辉公司向石羊公司支付的施工合同项下工程价款；
2、支付时未明确指向合同内与合同外工程范围的付款，合计458.3144万元 (即支付给潘森个人的总额608.3144万元－明确备注用于附属工程的150万元) ；
3、以借款方式预支的未明确指向合同内与合同外工程范围的付款，合计1144万元。
对于以上第2、3部分的支付行为，因存在付款指向不明的情形，应结合前文所述的相应比例来确定其中属于三辉公司向石羊公司支付的施工合同项下的工程价款，计算方式为：(458.3144万元+1144 万元) × (合同内价款23408585元＋合同内变更部分价款877151.31元) ÷ (合同内价款23408585元＋工程变更含附属工程结算价6810366.4元) =1287.78万元。 该数额经与第1部分相加后，可得三辉公司已向石羊公司支付的施工合同项下工程价款为2608.95万元。再结合涉案工程总造价 (即合同约定23408585元＋合同内变更部分877151.31元=24285736.31元) 可知，三辉公司在涉案2012年9月29 日 《建设工程施工合同》项下已不欠潘森及石羊公司工程价款。同时，潘森作为实际施工人在本案再审中亦确认其已与三辉公司结清工程价款，该意思表示与已查明的工程价款结算事实相符，应予确认，石羊公司作为施工资质出借单位不得再行要求三辉公司支付工程价款。石羊公司在本案中提出的要求三辉公司支付工程欠款的反诉请求，缺乏事实依据，不予支持。同时需要注意的是，涉案工程系由潘森借用石羊公司的资质实际施工，部分工程价款的结算亦实际发生在三辉公司与潘森之间，在此种结算方式下，三辉公司在施工合同约定的价款范围内向潘森作出的付款行为虽可对石羊公司产生支付效力，但若三辉公司向潘森超付施工合同项下的工程价款、结算与实际施工情况不符的价款或者支付施工合同以外的他项工程价款的，则仅在三辉公司与潘森之间产生结算效果，对石羊公司则不具有法律效力，三辉公司亦不得以超付工程价款为由向石羊公司主张返还。
裁判结果
再审：
1、撤销江苏省南京市中级人民法院 (2018) 苏01民终4000 号民事判决；
2、维持南京市江宁区人民法院 (2017) 苏0115民 初9751号民事判决第二项、第三项、第四项、第五项;
3、撤销南 京市江宁区人民法院 (2017) 苏0115民初9751号民事判决第一项；
4、变更南京市江宁区人民法院 (2017) 苏0115民初9751号民事判决第六项为：驳回石羊公司的全部反诉请求。
二审：驳回上诉，维持原判。