合同的部门法性质不同，适用的订立、履行、解除、争议解决、举证责任、裁决等实体和程序的规则不同。同一合同，界定为民事合同还是行政合同，涉及合同双方或者各方的法律地位是否平等、权利义务是否对等平衡、救济机制是否有利等重大事项，因此无论是在理论上，还是在司法实践中，都有着极其重要的研究价值和意义。
国有自然资源使用权出让协议是经济活动领域和司法实践中常见的合同类型。2020年1月1日《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》实施之前，国有自然资源使用权出让协议通常被界定为民事合同。2020年1月1日之后，矿业权等国有自然资源使用权出让协议被明确为行政合同——《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第二条规定：“公民、法人或者其他组织就下列行政协议提起行政诉讼的，人民法院应当依法受理：......（三）矿业权等国有自然资源使用权出让协议；......”
土地是自然资源，而且是最重要和最常见的自然资源。就土地的自然资源属性而言，根据最高法院制定司法解释的目的和本意，国有土地使用权出让协议应当纳入行政合同范畴，但是国有土地使用权出让协议并不在法院受理行政协议案件的范围之内，相关争议引发的案件仍然由有管辖权的法院按民事合同争议审理。
坊间传言，就国有自然资源使用权出让协议性质的界定，最高法院民二庭和行政庭各执一词，有不同的理解，所以才会有《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第二条这样观点博弈的结果。无论原因是否如此，同为自然资源的土地和其他类型自然资源，其国有自然资源使用权的出让分别适用不同的合同制度，在司法层面割裂了法律适用规则，必然使得原本只在理论层面有争议的合同性质问题同时成为法律实践层面也无法回避的争议问题。
本文的观点是国有自然资源使用权出让协议应当界定为民事合同，并将通过物权和政府参与经济活动方式的视角展开论述。《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第一条规定：“行政机关为了实现行政管理或者公共服务目标，与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议，属于行政诉讼法第十二条第一款第十一项规定的行政协议。”依据该条规定，订立行政合同必须以实现行政管理或者公共服务目标为目的。毋庸置疑，政府代表国家出让国有自然资源使用权，当然有其行政管理职权项下的目的，但必须指出的是，无论是对土地，还是对其他自然资源，国家对国有自然资源的行政管理权与出让国有自然资源使用权并不从属于同一法律关系，《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》混淆了国家作为物权权利人和行政管理权力人的双重角色对应的权利和权力的范畴。
《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》的实施介于《中华人民共和国物权法》施行和《中华人民共和国民法典》施行（《中华人民共和国物权法》同时废止）之间。
《中华人民共和国物权法》第四十六条规定：“矿藏、水流、海域属于国家所有。”第四十七条规定：“城市的土地，属于国家所有。法律规定属于国家所有的农村和城市郊区的土地，属于国家所有。”第四十八条规定：“森林、山岭、草原、荒地、滩涂等自然资源，属于国家所有，但法律规定属于集体所有的除外。”
《中华人民共和国民法典》第二百四十七条规定：“矿藏、水流、海域属于国家所有。”第二百四十八条规定：“无居民海岛属于国家所有，国务院代表国家行使无居民海岛所有权。”第二百四十九条规定：“城市的土地，属于国家所有。法律规定属于国家所有的农村和城市郊区的土地，属于国家所有。”第二百五十条规定：“森林、山岭、草原、荒地、滩涂等自然资源，属于国家所有，但是法律规定属于集体所有的除外。”
依据前述规定，矿藏、水流、海域、无居民海岛、森林、山岭、草原、荒地、滩涂、法律规定为集体所有之外的土地属于国有自然资源。国有自然资源所有权是物权，是典型的民事权利。国家是特殊的物权民事权利主体，政府代表国家持有和管理国有自然资源。《中华人民共和国物权法》第三十九条规定：“所有权人对自己的不动产或者动产，依法享有占有、使用、收益和处分的权利。”第四十条规定：“所有权人有权在自己的不动产或者动产上设立用益物权和担保物权。用益物权人、担保物权人行使权利，不得损害所有权人的权益。”《中华人民共和国民法典》第二百四十条规定：“所有权人对自己的不动产或者动产，依法享有占有、使用、收益和处分的权利。”第二百四十一条规定：“所有权人有权在自己的不动产或者动产上设立用益物权和担保物权。用益物权人、担保物权人行使权利，不得损害所有权人的权益。”依据前述规定，自然资源所有权人有权在自然资源所有权之上设立自然资源使用权。就权利类型而言，自然资源使用权是用益物权，派生于自然资源所有权，同样是典型的民事权利。
自然资源使用权出让协议是设立自然资源使用权的途径和确认自然资源使用权的方式，是联结自然资源所有权和使用权的民事法律行为。将作为实现设立用益物权目的的民事法律行为载体的国有自然使用权出让协议界定为行政合同，法理上是不通的，逻辑上是不成立的——基于民法物权制度、围绕国有自然资源使用权的设立和出让所做的约定，不可能是具有行政法上权利义务内容的约定；反之，如果合同中有具有行政法上权利义务内容的约定，也不可能是基于国有自然资源使用权设立这一民事法律行为产生。
当然，本文并不否认政府在签订国有自然资源使用权出让协议之前、签订过程中以及国有自然资源使用权出让协议履行期间一直在同时行使国家对自然资源的行政管理职权（但不是通过签订协议行使），而国有自然资源使用权出让协议确实又十分近似于政府特许经营协议，因而将国有自然资源使用权出让协议界定为行政合同似乎也是有事实依据和一定道理的。政府作为合同一方时，确实容易被混淆民事权利人和行政管理人的身份，而很多合同也确实兼有民事合同和行政合同的特征，但是只要抓住核心问题或者争议焦点问题审慎辨析，正确界定合同性质并非难事。
行政合同和民事合同的最大区别之一在于缔结合同的目的。行政主体签订行政合同以实现行政管理或者公共服务为目标，因此只要不是以实现行政管理或者公共服务为目标的合同，就可以排除在行政合同之外。政府签订国有自然资源使用权出让协议的目的或者主要目的是收取合同相对方给付的自然资源使用权出让金，换言之是为了获取收益。行政管理和公共服务不以获取收益为目标，而民事合同特别是商事合同通常以获得收益为对价。因此就签订合同的目的或者主要目的而言，国有自然资源使用权出让协议不应当被界定为行政合同。 认定自然资源所有权的归属和确认用益物权的设立，不因权利主体和行为主体身份的特殊性而有所不同。国家参与经济活动是一种普遍现象和客观存在，古今中外莫不如是。现代法治治理模式之下，国家和政府参与经济活动时是特殊的民事主体早已是法学、经济学、社会学理论的共识。国家和代表国家的政府实施的行为是行政管理行为，还是普通的民事行为，除了以签订合同的目的作为标准加以区分之外，还可以从行为本身是不是市场交易行为来加以考量，即区分行政合同和民事合同除了审查合同目的，还应当审查行为本身。如果政府以自然资源所有权代表持有人的身份从事了换取一般等价物的市场活动，或者用自然资源作为交易对象直接参与了具体的经济活动，其行为的性质显然区别于行政管理行为。因此就行为特征而言，签订国有自然资源使用权出让协议的行为不应当被界定为行政管理行为，国有自然资源使用权出让协议也不应当被界定为行政合同。充分了解和认知国家和政府参与经济活动的形式，有助于辨识合同的性质。国家和代表国家的政府参与经济活动无外乎直接参与和间接参与两种情形。政府采购是国家和政府直接参与经济活动的典型形式，而出资设立市场主体（公司）并通过市场主体参与经济活动是间接参与经济活动的典型形式。政府采购交易模式下，国家和政府一方是买方。自然资源使用权交易模式之下，国家和政府一方是卖方。同样是参与市场交易，如果仅仅因为交易地位发生了改变，交易行为的性质就发生了改变，不但不利于法律的施行，而且不利于市场公平交易制度的建设。此外，自然资源使用权出让行为并不仅有出让国有自然资源使用权一种情形，还包括出让集体自然资源使用权。集体自然资源使用权出让协议（实践中通常用转让一词）当然是民事合同。如果将国有自然资源使用权出让协议界定为行政合同，就会出现同一所有权制度之下，出让国家所有和集体所有的自然资源使用权分属两个不同领域的管理制度的情形，这不但破坏了法律适用的统一，而且有违建设统一的不动产登记制度的初衷。
综上，本文认为无论是从物权的视角，还是从政府参与经济活动方式的视角，无论是以签订合同的目的为区分原则，还是以参与经济活动的行为方式为标准考量，国有自然资源使用权出让协议都不应当也不适宜被界定为行政合同。